針對前總統馬英九申請於6月15日應邀赴香港出席「亞洲出版業協會」（SOPA）2016年卓越新聞獎頒獎典禮擔任演講嘉賓並發表演講一事，總統府發言人黃重諺12日表示，總統府對馬英九的出境申請已核定不予同意，另外，總統府專案小組也建議馬英九可參考往例，不需親自出席，也可以用視訊的方式達成發表演說的目的。
針對馬英九申請赴港一事，黃重諺12日下午召開記者會表示，基於卸任總統在國家安全上的重要性、特殊性與機敏性，復以本案無前例可循，為求慎重，總統蔡英文指示由總統府祕書長林碧炤與國家安全會議秘書長吳釗燮共同召集組成專案評估小組，並函請國家安全會議、國家安全局、外交部、國防部、法務部、行政院大陸委員會等6機關提供相關意見。他指出，專案小組參考前述機關意見，及馬英九辦公室補充的書面資料，並經6月7日、8日二次會議後，建議蔡英文對馬英九的申請案不予同意。
黃重諺說明，專案小組考量的理由共有4點：
第一、馬英九經管或接觸之國家機密甚鉅，且因甫卸任不足一月，相關機密仍具高度保密之必要。
第二、馬英九任內所經管或接觸之國家機密檔案及資料，尚待更多時間清查確認。
第三、香港對我國家安全的維護屬於高度敏感地區，卸任總統於出境管制期間造訪香港之風險難以管控。
第四、國安局與香港政府相關合作並無前例可循，復以本案時間緊迫，難以與中國及香港政府充分協商。
黃重諺補充，專案小組建議不同意此案申請，並非為了阻撓馬英九公開演說或國際發聲，是評估此一行程所能達成的目的，與我國國家安全利益可能造成的風險之間兩相權衡，尚難認為符合比例原則。另外，他也說，同時，專案小組也建議馬英九可參考往例，在不須親自出境之下，以國際視訊會議等作法，達成發表演說的目的。
最後，黃重諺強調，專案小組認為本案是國家機密保護法公布施行以來，首度卸任總統於管制期間申請出境之個案，而過去對於類似案件之准駁並無完整之審酌與評估作業流程，基於申請人曾任總統身分之特殊性、重要性及機敏性，因此專案小組也認為應參酌本案處理程序與經驗，以及行政院法務部相關法律見解，檢討修正總統府既有做法，以完備相關規範，建立常態性制度據以執行，以落實國家機密保護法之立法意旨及目的。
