大巨蛋歷經20餘年波折，從最早選址、議約、2次變更設計、遭到勒令停工，再到市長柯文哲日前發出最後通牒，將要求遠雄限期改善，否則將逕行解約，雙方幾經攻防，仍未取得共識，究竟雙方爭議點在何處？
（一）市府自提「安檢報告」指稱量體過大 VS 遠雄批評「射箭畫靶」
2015年2月4日，北市府召集市府團隊以及專家成立「大巨蛋安檢小組」，並發布「安檢報告」，指出遠雄大巨蛋有5項安檢問題，包括量體過大、商場與巨蛋共構造成安全危機、地下停車場聯通，易造成災害蔓延、戶外空間無法容納所有逃生民眾以及消防救災無法進行，建議遠雄應「拆蛋」或「拆商場」。
對此，遠雄逐項駁斥，強調「公安絕無問題」，遠雄還說，市府巨蛋安檢小組成員竟還找來先前退出遠雄的日本協力廠商「竹中工務店」的人員，直言「是找背叛者來評鑑正規軍、找競爭者來對同業品頭論足，根本無視雙方對等，形同借刀殺人」。遠雄批評，市府誤導面積計算方式謂商業量體過大，罔顧BOT雙方契約規定與精神。
（二）市府提出「7項公安基準」VS 遠雄回擊「於法無據、私設刑堂」
2015年6月13日，北市府在「大巨蛋園區防災避難安全研討會」上，考量國際安全標準及案例，提出7項安全基準。市府認為，大巨蛋園區量體龐大，超出現行法令規定，因此，才有必要提出基準降低災害風險。
但遠雄批評，市府以私定如「世界末日」等級之虛構災難情境，再編造出於法無據、國內外法規都沒有的7項安全基準，要求遠雄全盤接受，還得納入本案重新都審、環評，直言根本是「私設刑堂」，欲使大巨蛋建照變更永遠無法通過。遠雄也質疑，雙方原同意將7項基準交由第三方公正單位研議，市府卻突然反悔，只將其中「1、4、7項」交由台灣建築中心，其餘4項仍自行審理。
然而，市府回應，據營建署2015年8月6日以及10月15日函囑，其中3項由營建署授權台灣建築中心性能評定審查，其餘4項則由市府辦理。市長柯文哲也回擊，台灣建築中心至5月20日新舊政府交接以前，仍是馬政府下的單位，且由營建中心審查的3項，審理經1年仍尚未通過，何來私設刑堂之說？
目前，遠雄已就停工方面向法院提起行政訴訟，日前都發局長林洲民表示，應於今年秋冬會有一審的結果。
（三）市府稱遠雄「未按圖施工」，予以勒令停工
2015年5月14日，北市都發局至大巨蛋工地現場勘驗，發現有79處、高達2/3樓層的主要構造未按原核准圖施工，其中，更有17座樓梯憑空消失，引發公安疑慮。市府並於5月20日，依《建築法》58條規定，正式發函遠雄，予以勒令停工。
不過，遠雄嚴厲駁斥，指出市府故意持2011年6月30日最早通過的原始建照圖到現場進行比對，再指稱79處不符圖說，然而，遠雄早於2015年4月27日就已申請第3次建照變更，市府顯然蓄意誣陷。
另外，遠雄也說，停工理由所指79處，事實僅有17處因調整開口、樓梯位置等非主要結構不符，其餘62處完全相符；再者，該17處經台大地震中心等6大公正單位證明非主要結構，依法於竣工時併使照一併報勘即可，遠雄強調，依法明顯印證裁處勒令停工根本不符法令規範。
然而，市府再度回擊，指建管處所通過的核准圖其公文載明「變更設計內容僅開放空間景觀變更及整體結構柱位，未涉及平面隔間調整」，批評遠雄以第2次變更設計柱位夾帶千張全區變更設計圖蒙混過關，且全區變更設計圖至今也仍在台灣建築中心未通過，何來通過之事？遠雄根本是照未審查通過的設計圖施做。
（四）工期延展
根據大巨蛋BOT合約規定，自取得建照執照起3年內要完成興建工程，完工期限為2014年6月30日，而後遠雄前後因台北設計大展借地、地下障礙物清除、土方運氣條件變更等，2次申請工期展延共獲291天，完工期限延長至2015年4月17日。
對此，市府認為，就結果而言，遠雄工期嚴重落後，違約事實明確；但遠雄反駁，目前遠雄依變更設計、造價增加等原因，所提882天的工期展延也仍在仲裁中，屆時若判決遠雄獲勝，市府所指的違約事實便不會存在。遠雄並批評，市府有眾多應辦而未辦之事項，包括路樹移植、路型改善等，甚至違法勒令停工，才是完工日期一再延宕的主因。
市府認為，大巨蛋與商場共構，有安全疑慮。 圖：新頭殼資料照片。
