為了因應電動自行車的交通安全問題，交通部修訂相關規定時速不可以超過25公里，出廠車輛需配備防止調升車速的功能。同時，交通部也推動修法，要將電動自行車正名為「輕型機車」，預計2016年底完成並向立法院提案，將比照機車，車輛需要掛牌、駕駛持有駕照才能夠上路，否則開罰。
雖然交通部規定電動自行車和電動輔助自行車，時速不可以超過25公里，但是，時常有經銷商違規，將車速調升到40公里，影響交通安全。交通部5月3日公告修正「電動輔助自行車及電動自行車型式安全審驗管理辦法」。
「電動輔助自行車及電動自行車型式安全審驗管理辦法」修改後主要有2項變革：自5月3日起，車輛必須配備「防止擅自變更速度上限」的功能，以防堵業者和使用者任意調整車速上限；7月起，車輛必須在車尾車牌處貼上如車牌一樣，較現行大25倍的合格標章。違規者可開罰1200元到3600元，並禁止上路。
此外，為了區隔電動自行車和電動機車，2017年起，電動自行車整體大小將縮小約3分之1。
據統計，全台總計18萬輛電動自行車，沒有相關法令得以規範。近年違規事項增加，2015年也曾發生電動自行車闖紅燈撞上老婦人的死亡事故。
電動自行車和電動輔助自行車原本都屬於和自行車同類的慢車。但是，電動自行車跟電動輔助自行車不同，沒有踏板，外型跟機車極為類似，車輛卻沒有掛牌、駕駛不需考照。因此，交通部擬修改道路交通管理處罰條例，未來外觀與自行車相同的電動輔助自行車仍將定義為慢車，但是，跟機車外觀類似的電動自行車，將修法定義為「輕型機車」，行駛上路規定比照機車。交通部預計2016年底完成修正草案，2017年送立法院審查，立法院通過後上路。
