總統當選人蔡英文29日前往外交部聽取機密簡報,經過約90分鐘會談,蔡英文離去時,媒體追問未來漁民權利要怎麼捍衛?蔡英文停下腳步、握拳回應「全力捍衛」。這也是事發5日後,蔡英文首度公開回應沖之鳥礁扣船事件。

外交部長林永樂會後受訪表示,他特別跟蔡英文說明這次日本扣押台船事件,包括事發過程、政府採取措施、馬總統政策、向日方提出的抗議以及希望以和平協商方式解決爭端等等。至於蔡英文回應,林永樂說,「基本上,她也覺得我們目前還是要跟日方繼續協商。」

林永樂表示,會中,他強調外交工作的一致性與延續性,而過去8年兩岸關係和緩,對於推進外交工作扮演非常重要因素。他也提到,現在22個邦交國都保持相當穩定關係,聖多美7月份舉行總統大選不會影響邦交,「我對邦交國很有信心。」

此外,針對蔡英文關注的新南向政策,林永樂也說明馬政府針對東協國家、印度所做的基礎工作,希望未來外交工作持續。區域安全部分,他說,包括東海和平倡議、南海和平倡議,跟日本之間台日漁業協議、與菲律賓之間的漁業執法合作協定,都對區域穩定有幫助。

林永樂說,他希望未來外交工作無縫接軌,蔡英文也提到外交工作的延續性,新南向政策是她的目標,未來應進一步加強周邊國家,特別是東協、印度的關係,並希望台灣正面能量進一步擴大,對國際社會有所貢獻。

有關尚未收到WHA邀請函,林永樂說,他也向蔡英文說明,主要還是世衛組織在作業當中。至於蔡英文是否出訪巴拿馬,參加運河擴建竣工儀式?他說,這部分還是要尊重蔡英文自己的規劃,外交部有做一些準備的工作,進度都會讓蔡英文了解。