民進黨總統當選人蔡英文日前批評行政院好像急於在520前核定5年支出千億的「新世代高教藍圖」計畫，既不恰當也對新政府不尊重。對此，行政院副院長杜紫軍24日向媒體解釋，行政院只是先幫忙新政府進行相關前置作業，例如走行政程序、開公聽會等，最終是否實施，還是交由新政府編列預算決定。

曾參與新舊政權交接會議的杜紫軍指出，民進黨因為人事未出爐，僅願意提供民進黨副秘書長劉建忻、民進黨民調中心前主任陳俊麟、民進黨政策會首席副執行長施克和3人聯繫名單，各部會只能交接公開資料，例如貨貿談判等機密資料則要等對口名單確定後，簽署「保密切結書」才能交接。

這也導致一些工作無法進行，杜紫軍舉例，世界衛生大會(WHA)5月23日將在日內瓦召開大會，新政府官員不僅要在交接隔日的21日就出發，還要在3月底以前完成報名、出國等手續，但是民進黨已宣示4月以後才處理人事，相關單位現在連要幫誰報名都不知道。

有關行政院520交接要項暫緩，杜紫軍表示，行政院尊重民進黨的看法，也避免事務官的立場為難，會盡力配合。例如民進黨希望索取5月到11月的汛期整備工作、各項防疫準備的相關資料，相關部會也都在請示上級後提供。

對於民進黨質疑行政院「偷跑」教育部千億計畫，杜紫軍澄清，行政院已在第一次新舊政權交接小組會議就像民進黨方面說明過，該計劃是從2017年實施，因為擔心新政府5月20日才交接，來不及在立法院第一會期送預算審查，才會想幫接任政府完成相關前置作業。至於要不要執行，新政府仍可透過預算編列決定。

不過，7位民進黨立委24日也前往教育部要求暫緩該計畫，鄭麗君轉述教育部長吳思華「雖然沒有承諾要暫緩推動，但也明確表示，除非在立法院教委會取得委員共識，否則不會送行政院核定」。