針對頂新案宣判無罪一事，因為法院認為，檢方當時以快篩法確認總極性化合物超標，不符規定，因此不採用。不過，食藥署反駁指出，該快篩法早已採行在案，且食藥署事後還以公告方法檢驗一遍，結果仍為39.7%，與原本的40%差異不大。
針對近日頂新案一審宣判無罪，外界指稱與《食品安全衛生管理法》未管制原料油有關。但食藥署強調，彰化地方法院發函給食藥署，要求提供所管「原料油」之衛生標準供參，食藥署回覆彰化地方法院的說明即是，「凡進入食用油脂加工廠中供為精煉或再加工用之油脂原料，依源頭管理原則，自原料端開始，即應符合源頭農政管理機關良好農畜禽之養殖、屠宰、衛生檢查等動物之產品，始能進入食品加工生產鏈。」
食藥署指出，進入食品加工生產鏈後的原料來源及其衛生安全，則應符合《食安法》之規定，使用非供人食用且不符合食安法之原料來源所生產的油脂，例如：飼料油、皮革油、回收油等，無論該油脂或再經進一步精煉後之油脂檢驗結果如何，均不得供為食用，亦不得販售或續供為食品業之加工製造。
至於頂新油品檢驗總極性化合物含量採快篩檢驗方法，遭法院認為與政府公告的檢驗方法不同，且經法院請食品工業研究所檢驗後，發現並未超標；食藥署則反駁，經過評估，確認該快篩方法與公告之「食用油脂中總極性化合物之檢驗方法」相當，且該篩檢技術已於食藥署2011年12月發行之「油炸油安全管理簡易手冊」採行在案。
食藥署也強調，針對彰化縣衛生局於2014年10月24日送驗頂新爭議油品快篩結果為40%，另再以公告方法檢驗確認結果為39.7%，兩者並無明顯差異。
針對檢驗結果，彰化地檢署也說，油品檢驗並非只逕以快篩法認定，實際上，仍有經食藥署複驗確認。檢方也質疑，食品工業研究所朱燕華實驗室出具之檢驗報告並未經食藥署認證，彰化地院卻以此未經認證的檢驗報告推翻食藥署的正式檢驗報告，「試問，究竟是誰的檢驗方法草率？」
根據「油炸油安全管理簡易手冊」，餐飲業油炸油之管理應以總極性化合物作為判定依據，當油炸油總極性化合物含量達25%以上時，不得再予使用，應全部更換新油。其中也寫明， 以快速檢測儀器測定油炸油總極性化合物含量後，若達25%以上，會再採取樣品，以AOCS (ISO 8420)方法測定樣品總極性化合物含量，再判斷是否合格。
