台南市登革熱病例持續增加，病例數自入夏（5月1日）至9月14日共有8666例， 9月14日新增病例數237例。台南市環保局長李賢衛強調，雖然14日確診數字已比先前稍減，但市府稽查與複查工作不會鬆懈，只要發現陽性容器立即開罰，沒有妥協空間，也請市民和業者做好孳清和滅蚊工作，市府將持續複查。
台南市副市長顏純左在台南市登革熱流行疫情指揮中心記者會中指出，因高雄登革熱確診病例破千，中央已成立指揮中心，並於疾管署南區管制中心召開視訊會議，討論中央和地方跨區資源整合分配等相關議題。另北區花卉市場經過相關複檢合格，市府會發函核准復業，業者已簽署切結書，市府會持續複查，如再發現陽性容器，在這波疫情流行期間將無限期停業。
為遏止登革熱疫情延燒，台南市政府也與國軍攜手合作，台南市長賴清德、國防部參謀本部副總長執行官蒲澤春及協助防疫的將領齊聚台南市政府，共同討論國軍支援登革熱防疫相關措施，賴清德特別代表台南市民對國軍的投入表達感謝之意。
賴清德說，在行政院宣布成立災難指揮應變中心之前，國軍便在八軍團季連成指揮官指導下投入登革熱防疫工作，迄今已有相當長的時間，也非常賣力，相信在蒲上將帶領各軍種進駐台南後，對於後續防疫工作必有莫大的幫助，可將登革熱疫情有效控制下來。
蒲澤春表示，國軍將積極配合防疫工作，後備指揮部及第4作戰區也會全力配合台南市政府需求，今日已編制兩個組別，一個是國防部的指導組，進駐指導後備及基地的後備指揮部，另由陸軍司令部成立編組進駐作戰區協助防疫工作，希望盡速將疫情控制住。目前國軍投入的人力有100多位，按照市政府規劃和化學防治噴槍的數量，全力配合化學防治的工作，未來市府如有增援的需求，也會全力配合。
此外，台南市議員林阳乙爆料指稱台南市環保局發送的登革熱藥劑過期，有效日期至2014年6月，卻還拿來發送；東區噴藥工作人員也私下透露，「1993年的藥也在噴」。他強烈懷疑南市登革熱疫情控制不下來，可能與噴過期藥有關。他出示2款噴藥，1款是興農出品，是環保局人員使用的噴藥，另1款日農的「尚蓋好」是他1週前向環保局要來給里長的，均已超過有效期限。
環保局說明指出，目前戶外化學防治使用的藥，熱煙霧防治為亞滅寧，殘效噴灑防治為撲滅松，為環保署核准的殺蟲劑，而且都是使用期效內的藥劑，並依照中央CDC劃設化學防治區塊和防火牆施藥。亞滅寧於2014年9月11日交貨，使用期限為2014年9月2日至2016年9月1日，撲滅松於2015年9月11日交貨，使用期限為2015年9月2日至2016年9月1日。
環保局表示，近來因登革熱疫情嚴峻，有部分民代為維護環境衛生，要求環保局無償提供藥劑作為一般環境消毒使用，由於現有即期藥劑皆作為現階段登革熱化學防治使用，故告知只能提供過期藥劑使用於小面積噴灑，由於民代一再要求，才會提供過期藥劑使用，經專家建議過期藥品仍須回廠再製使用，後續將全面回收。
