台北市政府日前在市政會議上通過2016年度預算，其中歲出計列1618.25億元，而第2預備金編列高達15億，比往年的9到9.5億元高出將近6成之多。對此，台北市長柯文哲3日上午表示，15億佔北市府歲出1600多億中不到1%，但各局處在編列預算時，根據過去的邏輯思維都會多編列6%的工程預備款，這才是預算編列中的大問題。他認為應實報實銷，如果把這些保留款集中，統籌運用，就不需要編列這麼多。
針對柯文哲在明年度的二備金預算多編列了近6億多，編列預算的主計處處長梁秀菊對此解釋，因為2016年將舉辦世界大學運動會、台北世界設計之都等國際活動，「不可預期的臨時需要會增加」，同時為因應大型天然災害發生的可能，因此，主計處在今年4月編列預算期間，建議柯文哲在二備金多作編列。
柯文哲上午出席活動後受訪時，對此問題並沒有正面回應，他說，若以北市府歲出1600億來看，第二預備金編列15億，以整個數字來看，佔比很少，不到1%。他接著說，以前編預算時，每個局處因為很難預測未來的事情，所以在編預算時都會編列6%的工程預備款，但這就有問題，他舉例，一個案子預計花94塊，但每個局處卻會編列100元，現在應該把這概念倒過來，「實報實銷，不要為了擔心未來，故意增加6%預備款」，把不確定因素用總控處理，這是他的概念。
柯文哲反問現場媒體，目前公家機關的預算制度，業界包括鴻海、蘋果公司有沒有採用這種編列方式？根本不可能，因為這樣的做法，整家公司會在1年半內無法開創新的計畫。因此他希望能將這些保留款集中，再做統籌運用，每個單位編列所需經費，有多的需求再來要錢。
柯文哲也拿前苗栗縣長劉政鴻當例子指出，苗栗縣財政惡化成這樣，這是一天、一個人造成的嗎？一個國家應該建立一個確實的制度，不是只有口水講完了就沒事。
最後，柯文哲認為自己是「挑戰中華民國預算編制」，他只是要大家開始誠實面對問題，「目前預算制度符合21世紀快速變動的社會嗎？」如果不是，就請大家開始面對，如何改變這個制度？
