數10名反黑箱課綱學生23日晚間11點多「夜襲」教育部，以梯子跨過屋頂進入教育部，並闖入部長辦公室，隨後遭到警方以束帶、手銬逮捕，並送往保安大隊。對此，教育部24日上午召開記者會，部長吳思華嚴詞批評反課綱學生「惡意侵入公署、嚴重違法脫序」，他除了表達高度遺憾外，決定訴諸法律途徑，對學生提告。
對於學生夜闖教育部，教育部上午召開記者會，部長吳思華表示，在課綱公布後有許多不同意見，台灣是法治國家，大多數國民也都遵守民主程序，教育部原本也希望以理性對話進行，但讓人遺憾的是，少部分反課綱人士「違法行為不斷升級」，不但闖入教部潑紅漆、破壞國教署鐵門等，教育部先前考量學生身分，都沒有提出法律告訴，「用包容心情尋求共識」。
但是，吳思華批評，教育部的包容卻換來一再非理性的行為，反課綱學生「行為脫序、逾越分際」，做了最錯誤示範，因此決定對闖教育部的學生訴諸法律途徑，希望大家能在「合法、理性」的情況下追求台灣進步。
吳思華更意有所指地說，在反課綱的場合，看到少部分的政黨、社團介入活動，「隱身於後、把學生推到第一線」，他也要藉記者會的場合說，「這是不道德的行為」，政治是一時的，「是殘酷、欠缺同理心的」，但教育理念是希望孩子面對不同意見，懷有相互包容、學習態度，「不是以違反法律摧毀我們守護的教育價值」，他呼籲各界「節制自重」，回歸教育中道，不要以抗爭取代專業，「強求定於一尊」。
