衛福部食藥署7月2日赴義美南崁廠查廠，發現倉庫中存放大批逾期食品，根據媒體報導，義美總經理高志明日前向政院行文陳情指出，衛福部將此事通報中國，讓義美的各類產品被列為「預警產品」，至今都卡在中國海關，無法進入中國市場販售。但食藥署17日否認，強調義美沒將逾期產品出口，因此食藥署也沒通報中國。
義美南崁廠於7月2日在食藥署及桃園市衛生局的監督下，進行「非酒精飲料製造業稽查計畫」查廠，但發現案外案，意外查獲大批逾期食品共29項計1699件，以及未來食品共1項3批計192包，總計至少約4.4公噸，未與一般食品有效區隔，桃園市政府衛生局已依法處辦中。
不過，義美質疑食藥署徹夜查廠有政治操作之嫌，據媒體報導，高志明還陳情指出，衛福部通報中國政府，中國食安局立刻在7月5日公布第41號「風險預警」通報，將義美各類產品列為「預警產品」，暫停受理義美所有食品進口報驗，因此，產品全卡在海關，無法販售。
對此，食藥署北區管理中心副主任王德原17日上午澄清，經查義美的違規產品並無出口記錄，所以食藥署並未透過任何管道通報中國，對義美的指控覺得非常奇怪。
至於義美質疑食藥署公告今年稽查國內26家咖啡飲料製造工廠，稽查作業從今年5月中進行，7月9日才公告，食藥署卻從7月2日上午9點到3日上午8點連續查義美約24小時，王德原指出，食藥署執行稽查作業皆依「食品稽查標準作業程序」辦理，且義美被查獲大批違規食品時，並不配合，才會查這麼久。
王德原駁斥義美，當天派4名稽查人員會同桃園市政府衛生局2名稽查人員，共計6人前往「義美食品有限公司南崁廠」進行查核，約當天下午6時多，意外發現冷凍成品倉庫有大量逾期食品1699件及未來食品192包，因違規食品數量甚多，且存放於零下25度冷凍倉庫，作業不易，經桃園市政府衛生局稽查人員回報後，該局隨即加派4名人員前往支援，約晚上9時抵達，總計10人進行清點違規產品數量與封存等作業。
他強調，稽查人員請義美提供違規品項庫存月報表、進銷貨出入庫資料、銷毀紀錄等資料，但義美一直找理由，表示因生產製造品項眾多、電腦系統老舊，且對會計帳冊管制嚴格，另內部受檢人要逐層請示上級授權，再逐件提供品項帳冊，因此，查核時間冗長費時，稽查人員為避免資料遭竄改，等取得完整的品項帳冊時，已是隔日早上8點，「徹夜查廠並非是義美特例」，過去也有其他案件因要收集相關事證而徹夜稽查之情形。
另外，義美質疑為何衛生局在一查完就立刻發布新聞稿公告，王德原說，稽查後該何時發布新聞稿，由地方衛生局決定，桃園市衛生局是依法在7月3日公告，食藥署也同步進行。他強調，若發現重大違規，且有具體事證，發布新聞稿應無延宕過久的空間。
