針對八仙塵爆案，總統府6日下午召開國安高層會議，針對外籍醫師究竟可否來台援助，總統馬英九指示，歡迎境外醫護人員來台協助，「政府絕對不會不近人情」，法律有分常態與例外，尤其現在是非常時期，面對的是特殊狀況。
馬英九下午於總統府召開國安高層會議，此次會議由行政院長毛治國率衛福部、內政部、國防部、陸委會、教育部、退輔會、交通部、外交部、災防辦公室等相關部會首長參加，另邀請新北市長朱立倫與會，就這次事件應變處置流程、醫療資源調度情形、傷患權益保障及關懷照護等議題進行討論。
馬英九會中裁示4項處理原則，再度提出32字箴言，包含「救人第一、不計代價」、「一人一案、長期陪伴」、「統合統整、群策群力」、「追究責任、檢討原因」。馬並表示，政府會提供「全人、全程、全力」的「三全」最完善照顧。「全人」是指身體醫療與心理輔導雙重管道的全人照顧，「全程」則是包括醫療、復健、心理輔導、與未來就學與就業的全程照顧，「全力」是指政府會不計代價救人，結合中央地方民間，並成立基金會以長期陪伴。
至於會中討論境外醫護人員來台一事時，馬英九也特別強調，歡迎境外醫護人員來台協助，政府絕對不會不近人情，法律有分常態與例外，尤其現在是非常時期，面對的是特殊狀況，馬責成衛福部與醫界立即研議，在不違反法令範圍內，在實務上可行的具體作法。
對此，衛福部次長林奏延5日已鬆口表示，外籍醫院可利用「教學醫院邀請外國醫事人員來台從事臨床教學或受理進修應注意事項」辦法，由醫院申請外籍醫師來台治療傷患；他6日下午也說，若有外籍醫護想來台支援，衛福部將個案處理。
除了由衛福部長蔣丙煌報告相關醫療處理情況外，教育部也在會中指出，由於此次事件有262位學生受傷，教育部將與新北市合作建立「攜手陪伴計劃」，針對每位同學建立復健計劃，各校建立專責聯絡窗口，掌握每位學生所需事項，每所醫院指派教官負責聯繫，提供家屬必要的協助。
在勞工權益保障上，勞動部則報告，會採取「從寬、從簡、從速」的原則，參加勞保者如係執行職務，將認定為職業災害。勞動部並籲請雇主在請假程序上能彈性、包容、從寬處理。
另外，交通部將與新北市政府組織求償團隊，準備團體訴訟，取得假扣押裁定，將責由八仙樂園負起責任，不足的部分也應依法負賠償責任。內政部將針對可燃性微細粉末擬定管理辦法，禁止噴放行為。交通部也將修正觀光遊樂業管理規則，提高裁罰額度及合理調高投保金額，研議增訂自辦或分割出租舉辦大型活動的規範，並擴大聯合稽察。
朱立倫於會中表示，針對未來各界捐款，新北市府將以公開、透明方式進行整體運用，他要求行政院持續加強所有醫護資源的統籌調度，以便將人力、物力做最好、最快速分配，朱並強調地方將會與中央配合，全力持續來照顧傷患與家屬。
