國內非法工廠林立，政府規劃讓這些工廠就地合法，因此，預定把部份工廠所在的特定農業區變更為一般農業區，再申請變更為丁種建築用地。對此，國民黨立委丁守中25日不滿痛批，政府不嚴格取締這些工廠，還給時間讓他們就地合法，根本是「削足適履」。農委會主委陳保基則大聲回應，「我當然是覺得很無奈啊！」
經濟部指出，國內都市計畫及非都市計畫土地內設立的臨時工廠，約有6萬多家，行政院特核定「輔導未登記工廠合法經營方案」，其中，非都市計畫土地、特定農業區面積達2公頃未滿5公頃者，須依《都市計畫法》第27條規定，先調整為一般農業區後，再依「經濟部公告特定地區整體（個別）變更編定為丁種建築用地興辦事業計畫審查作業要點」規定，變更為丁種建築用地，即能就地合法，全案預計6月底前完成審查作業。
雖然政府給予非法工廠就地合法化的時間，但丁守中表示，全國6萬多家非法工廠中，補辦登記的僅有7458家，佔12%，通過的更只有3574家，而且絕大多數沒申請、根本不符合資格的工廠都明顯違法，政府是否該嚴格重罰？
經濟部次長楊偉甫指出，「工廠管理輔導法」已於2010年6月2日公布施行，而補辦登記受理期間是到今年6月2日為止。他也說明，沒申請合法登記的多是土地使用不合乎法律規定，現在輔導期限到，工廠沒按規定處理的話，政府就會依法取締。
楊偉甫說，針對非法工廠，去年9月到今年3月，政府去現場稽查了7800件左右，補辦登記的有1500件，其他部份由地方政府處置。
不過，對於非法工廠可以就地合法，丁守中不滿地表示，這些工廠在特地農業區，為了屈就這些違法工廠，還要變更為一般農業區，而依法解釋，特地農業區是優良農地，或投資重大農業建設改良設施，需加以保護而劃定，結果政府為了違法工廠來網開一面。他逼問陳保基，「你支持嗎？這不是影響台灣有機農業、精緻農業的生存空間嗎？」
對於丁守中的質疑，陳保基也提高聲量解釋，台灣的有機農業本來空間就非常小，台灣土地很少，違法工廠、農舍污水都要爭取土地，「我當然是覺得很無奈啊！」
但丁守中仍批評，「你只有無奈嗎？你應該反對啊！」他認為，這些非法存在的工廠，根本不符水利與水保規範，而且還成為潛在環境污染、危害公共食安的來源。楊偉甫則承諾，只要期限一到，就會對這些違法工廠嚴格重罰。
而農委會說明，全國共計6、7萬家非法工廠中，涉特定農業區的面積有334公頃，身在112區的特定農業區中的，有366家未登記工廠，都將輔導就地合法化，也會保證工廠做好環保、與鄰田有一定綠帶等要求，才會給予合法登記。
