台灣將自6月起實施新的基因改造食品標示制度，只要是基改作物製成的食品，都須標示。根據最新一期《今周刊》報導，國內進口的黃豆和玉米，幾乎都是基改作物，基改食品不僅涉及食品安全，也涉及台美雙方貿易及政治關係，但政府單位在把關上，往往「高舉輕放」。
據《今周刊》報導，過去10幾年來，台灣審查基改食品安全性，只能依賴孟山都（Monsanto Company）等生產基改種子的公司提出評估報告；就算審查不通過，也只能要求對方補寄報告，而孟山都向來只提供90天的動物實驗評估報告。
台灣審查委員會召集人要求提供進一歩資料，孟山都不理會；而該公司對日本，卻會自行做長達2年的動物實驗，評估食物安全性。10幾年來，台灣核准81項基改食品上市，近年只有2項產品被退件，退件率只有2%。
《今周刊》報導指出，「一顆基改黃豆，背後其實是國家利益。」美方頻頻關切台灣基改食品規範，是因黃豆用量最大的沙拉油市場，用的幾乎都是基改黃豆，強制標示上路之後，如果有「非基改沙拉油」出現，將嚴重衝擊美國的黃豆市場。
如果以台灣1年黃豆食用量30噸計算，去年非基改黃豆只賣出2萬5千噸，這個市場還可能再成長11倍。要真正保護民眾消費權益，除了標示之外，台灣更應建立獨立的審查系統，針對國人體質特性做檢驗，並公開審查的討論內容，否則，民眾永遠不知道，自己吃的基改食品風險有多大。
此外，基改食品對於健康的影響更不容忽視。台中榮總免疫風濕科主任蔡肇基指出，基改食物可能引起過敏，台灣不應全盤採用歐美標準，「因為每個人種的過敏病罹患率都不一樣，絕不能將歐美標準當作台灣標準」。因為在歐美，花粉是主要過敏源，在台灣，塵蟎才是主要過敏源。
中華民國毒物學學會秘書長姜至剛則表示，「基因改造的風險，是難以觀察，又難以控制的。」他也指出，基改食物對有過敏體質的人特別危臉，基改食品可能會改變腸道細菌，誘發消化道的病變，現在的研究認為，「慢性發炎跟癌症是相關的」。
