由於內閣改組，吳內閣重新檢討總預算及兩項特別預算，今（24）日行政院會通過，明年度預算中，僅總預算歲出減少48億元，成為1兆7350億元，預算赤字達1830億元，若連同債務還本660億元及其他特別預算部分，政院均將全數舉債，舉債總額達5162億元，創歷史新高，換算之後，明年平均每人負債增加2萬2443元。
在明年度總預算部分，主計長石素梅（右圖，黃揚明攝影）指出，歲入部分僅作調整但總額不變。各項歲出比例，以教科文支出3540億元最高，占20.4％；社會福利支出3258億元，占18.8％；國防支出2887億元，占16.6％。而國防支出占明年預估GDP比例為2.99，未違反總統馬英九國防預算比例不超過GDP3％的承諾。
歲出部分共減少62.4億元，包括財政部減列台灣金控釋股1,9億元；國防部移撥15架黑鷹直升機，故內政部減列消防救災、海空偵搜反恐直升機3.5億元；經濟部減列湖山水庫及水資源工程23.5億元；交通部減列生活圈道路交通系統15億元；國防部減列空軍松指部相關整建工程1.1億元。
就原有預算調整的部分，包括教育部新增技職教育在造方案、原住民高中職學雜費減免等共6.5億元；外交部新增參與國際組織、加強文化經貿外交經費1.7億元；體委會增列培育運動選手、改善訓練環境0.9億元。
新增的部分，內政部增列低收入戶健保補助、市區道路改善、家暴及性侵害防治經費共2.9億元，歲出合計共減少48.1億元。
特別預算部分均僅就內部預算進行調整。莫拉克災後重建特別預算總規模仍是1200億元，明年度編列356億元。
此次減列包括災民購屋補助、臨時住宅安置租金賑助共24.88億元、流感抗病毒藥劑10.1億元、地方政府辦公廳舍、設備等經費5.31億元，其他及預備金46.54億元，共減86.83億元。
增列部分同樣是86.83億元，增列項目包括水利設施復建、山崩地質調查分析、永久安置住宅用地見至災害預警與偏遠地區廣播通報等資通訊系統、救災船艇裝備及補助醫療院所克流感藥物等。
