在前總統陳水扁等人遭判重刑後,陳水扁辦公室與律師隨即召開記者會,嚴詞抨擊一審判決是一個違憲、違法無效的判決,是一個趕盡殺絕、抄家滅族的判決,根本就是一個政治性的判決。扁辦要求大法官儘速對台北地院違法更換法官一事做出解釋,並要求法院立即停止羈押陳前總統。

至於陳水扁是否將提起上訴,過去曾擔任陳水扁辯護律師的鄭文龍表示,將在近期內跟陳水扁討論,建議陳前總統要上訴,由堅強的律師群代理。扁辦也強調,他們一定會上訴,現在是要爭取用陳總統的名義上訴。

律師鄭文龍並質疑法官蔡守訓選在911這天宣判,是不是有什麼特別的用意?他個人不希望司法界產生新的賓拉登。鄭文龍認為,整個判決結果,都讓司法獨立、公正遭到懷疑,傷害人民對司法的信賴,連馬英九總統的老師孔榮傑也談到同樣的看法,換法官導致民眾對司法的不信賴,續押也不公平,這些都讓法制倒退。

陳水扁辦公室發出聲明指出,強調這次的判決是一個違憲、違法無效的判決,質疑地方法院為何一定要把案子交給蔡守訓,蔡是當年判馬英九特別費無罪的法官,這樣換法官的決定根本是司法不公;另外除了對陳水扁跟他的家人重判外,連陳的幕僚馬永成跟林德訓也遭到重判,根本是一個盡殺絕、抄家滅族的判決。

鄭文龍指出,這是一個政治性的判決,這個判決內容看不出證據在哪裡,判決主文多是情緒性的說明,到目前為只看不出積極的證據,且是毫無懷疑的證據。

扁辦並呼籲司法院大法官,儘速針對台北地院違反『法官法定原則』於審判中更換法官一事,儘速做出解釋。另外,在一審決之後,扁辦認為,陳水扁更無逃亡、串證之虞,且重罪本身不應單獨成為羈押的理由,要求立即停止羈押陳水扁。

針對馬永成、林德訓亦遭重判,曾跟他們兩個一起工作過的扁辦人員劉導即難過的指出,馬跟林沒有任何一毛錢放進自己的口袋,一個被判20年、一個被判16年,過去重大的經濟案件都沒判這麼重,會判這麼重,是因為他們沒有認罪,根本就是殺雞儆猴,以後誰敢跟著陳水扁走?馬永成、林德訓的行為跟余文完全一樣,余文判那麼輕,跟錯老闆竟然有這麼大的待遇。劉導表示,不管喜不喜歡他,馬跟林兩個把一生最寶貴的20年時間,獻給公共事務,卻得到這種下場。

劉導補充說,聽說蔡守訓即將升官,他誠心誠意的恭喜他,希望他從今以後可以走的心安理得。