對於台灣高等法院今（12）日駁回陳水扁聲請保外就醫異議案，並指法務部建議尋刑事法院提異議不符規定，法務部今晚發出新聞稿，槓上高院指出，矯正機關對所為處分有所不服，到底應採行政訴訟或刑事訴訟程序救濟，行政法院與刑事法院常有不同見解。因此，法務部之前建議，並沒誤導陳水扁提出救濟方式。
法務部指出，司法院大法官釋字第653號解釋、第681號解釋已肯認對矯正機關之處分不服者應給予司法救濟之機會。但對矯正機關對所為處分有所不服，到底應採行政訴訟或刑事訴訟程序救濟，行政法院與刑事法院針對個案常有不同見解。
法務部舉例表示，最高行政法院97年裁字第3132號裁定、96年裁字第287號裁定、第1210號裁定都認為「刑事訴訟法上檢察官之處分或監獄行刑法、保安處分執行法上矯正機關之監禁、戒護、假釋、撤銷假釋、保護管束等矯正處分，均屬刑事執行之一環，為廣義之司法行政處分，無論其處理或救濟程序，均應依其相關法規辦理。而刑事訴訟法對犯罪之追訴、處罰及執行等程序均定有明文，如有不服，其救濟程序應依刑事訴訟法相關規定辦理，不得提起行政爭訟」。
法務部還說，最高行政法院102年判字第514號判決更指出「有關刑罰執行方法的爭議事件與刑事訴訟法具有關連性，其爭議之救濟途徑未必應循行政訴訟程序」。因此，今天台灣高等法院裁定所引釋字第691號解釋，只是針對不予假釋之決定，認為在救濟法令未修訂前由行政法院審理，該號解釋並非指所有不服矯正機關處分均應一律由行政法院審理。
法務部還把台北地院先前裁定給扯進來說，地院僅表示，他們不屬於「為判決之法院」，才認為沒有管轄權，並沒有認為，只能向行政法院尋求救濟。所以法務部才會提及，陳水扁保外醫治案遭駁回，逕向法院抗告或聲明異議，並沒有誤導他究應向何法院提出救濟之權利行使。
